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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  45 lines
  1. ********************************************************************
  2. * ABC-2 type transport system integral membrane proteins signature *
  3. ********************************************************************
  4.  
  5. Integral membrane components of a number of bacterial active transport systems
  6. have been  shown  to  be  evolutionary  related  and to form a distinct family
  7. [1,2]. These proteins are:
  8.  
  9.  - Escherichia coli kpsM, involved in polysialic acid export.
  10.  - Haemophilus  influenzae  bexB,  involved  in  polyribosylribitol  phosphate
  11.    capsule polysaccharide export.
  12.  - Neisseria  meningitidis  ctrC,  involved  in  polyneuraminic  acid  capsule
  13.    polysaccharide export.
  14.  - Rhizobiacae   nodulation  protein  J  (gene  nodJ),  probably  involved  in
  15.    exporting a modified beta-1,4-linked N-acetylglucosamine oligosaccharide.
  16.  - Streptomyces   peucetius   drrB,  involved  in  exporting  the  antibiotics
  17.    daunorubicin and doxorubicin.
  18.  - Escherichia coli hypothetical protein yadH.
  19.  - Escherichia coli hypothetical protein yhhJ.
  20.  
  21. The molecular  size  of  these  proteins  is around 30 Kd. They are thought to
  22. contain six transmembrane regions. They either form homooligomeric channels or
  23. associate with  another  type of transmembrane protein to form heteroligomers.
  24. Transport systems  in  which  they participate are energized by an ATP-binding
  25. protein that  belongs  to  the ABC transporter family. The designation 'ABC-2'
  26. has been proposed [1] for these transport systems.
  27.  
  28. As a  signature  pattern, we  selected  a  conserved  region  located  in  the
  29. C-terminal section of these proteins.
  30.  
  31. -Consensus pattern: [LIVM]-x(2)-[LIVM]-[SC]-x(8)-[LIVM]-P-x(10)-P-x(2)-H-x(2)-
  32.                     [STDE]-x(2)-[RQ]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  37.                                 jreizer@ucsd.edu
  38.  
  39. -Last update: June 1994 / Text revised.
  40.  
  41. [ 1] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  42.      Protein Sci. 1:1326-1332(1992).
  43. [ 2] Vazquez M., Santana O., Quinto C.
  44.      Mol. Microbiol. 8:369-377(1993).
  45.